Sebelum menjadi kantor, BMKG Sampit merupakan sebuah Pos Hujan Kerjasama yang Berdiri sejak tahun 1997, dibawah koordinasi BMKG Palangkaraya dengan jam kerja operasional 6 jam per hari. Pos Hujan Kerjasama dipimpin oleh Kepala Pengelola Bapak Musuhanaya, yang sekarang menjabat sebagai Kepala BMKG Buntok.

Pada tahun 2005 terbentuk UPTD (Unit Pelaksana Teknis Daerah) baru menggantikan Pos Hujan Kerjasama menjadi Kantor BMKG Sampit yang dipimpin oleh Ibu Yulida Warni dengan tugas utama melaksanakan Pengamatan Meteorologi Permukaan dan Pelayanan Penerbangan di Bandara H. Asan Sampit. Oleh sebab itu penamaan BMKG Sampit diambil dari nama Bandara setempat yaitu Stasiun Meteorologi H. Asan Sampit. Pada awalnya Stasiun Meteorologi H. Asan Sampit teridiri dari 5 orang Pegawai termasuk Pimpinan.

Sejak bulan September 2005 hingga awal tahun 2006 jam kerja operasional menjadi 9 jam per hari. Dan pada awal Tahun 2006  hingga Tahun 2012 jam kerja operasional menjadi 12 jam per hari. Pada tahun 2013 Stasiun Meteorologi H. Asan Sampit baru mulai memberikan Prakiraan Cuaca Harian, disamping pengamatan meteorologi permukaan dan pelayanan penerbangan. Pada tahun 2013 juga hingga sekarang mulai beroperasi 24 jam per hari.

Ibu Yulida Warni menjabat sampai masa purna bakti pada 1 juni 2016. Dan digantikan oleh Pelaksana Tugas yang ditunjuk  yaitu Bapak Mulyono Leo Nardo selama 3 bulan. Terhitung 1 September 2016 ditunjuk kepala Stasiun Meteorologi H. Asan Sampit Sampit yaitu Bapak Nur Setiawan yang sebelumnya adalah seorang Teknisi di Stasiun Meteorologi Kelas I Supadio Pontianak. Tahun 2017 nama Stasiun Meteorologi H. Asan Sampit diubah menjadi Stasiun Meteorologi H. Asan Kotawaringin Timur berdasarkan nomenklatur langsung dari BMKG Pusat.

Pada 16 Desember 2020, diadakan Pelantikan Pejabat Pimpinan Tinggi Pratama, Pejabat Administrasi dan Pejabat Fungsional. Sehingga, jabatan kepala stasiun meteorologi H. Asan Kotawaringin Timur digantikan oleh bapak Musuhanaya, SE. Beliau sebelumnya merupakan kepala Stasiun Meteorologi Sanggu, Barito Selatan.

Hingga saat ini Pegawai BMKG H. Asan Kotawaringin Timur sebanyak 14 PNS dan 7 orang Tenaga PPNPN (Pegawai Pemerintah Non Pegawai Negeri).